天下为公——孙中山传
新旧约法之争与南下护法（2）
9月1日，会议选举孙中山为中华民国军政府大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅。于是，中国分裂为南北两个政府。同一天，非常国会还选举了各部总长。孙中山任命章太炎为秘书长。章太炎以往反对孙中山最为激烈，但经历这么多年的风雨和波折，他终于被孙中山宽容的气度所感动，最终成为孙中山领导的护法斗争中的积极一员。
当时的军政府最需要的是能够控制掌握的军队，所以孙中山在组织军政府期间，曾多次致电留居在上海的岑春煊、广西的陆荣廷和云南的唐继尧，请他们到广州来“公商要政”，但都被对方称病拒绝，这样，孙中山只得到了海军的支持，陆军则完全不听调遣。
此时，国内各省护法运动已渐成声势，北方的段祺瑞政府也准备动用武力进行镇压。
9月下旬，北洋军在湖南与桂军相持。10月，被孙中山派往湖南的程潜率军进入长沙，推举陆荣廷为“湘粤桂巡阅使”，谭浩明为湖南督军。但陆荣廷对程潜出任省长十分不满，于12月18日唆使谭浩明以武力迫使程潜辞职，自此牢牢地把湖南纳入桂系的势力范围之内。
北洋军在前线的失败使段祺瑞陷入困境。1917年11月15日，他向冯国璋提出辞呈。由于段的下台，日本当局期望促成“南北议和”。而力图扩充自己势力的陆荣廷，在控制了湖南后，希望通过“南北议和”捞到更多好处，并饬令前线“响应”冯国璋的停战令。北方段祺瑞的皖系势力乘机反攻，卷土重来。吴佩孚率军南下，连续攻陷岳阳、平江等地，粤桂联军迅速溃退，1918年3月长沙失守，联军退守湘南。
皖系的胜利，使段祺瑞有了复出的资本。以曹锟为首的15省3特区的督军联名要求段出山组阁，日本方面暗中支持奉系张作霖表态支持。3月23日，段祺瑞终于再次复出掌权。陆荣廷为了保住他在两广的统治权，背着孙中山与吴佩孚签订了停战协定。
陆荣廷一直视孙中山在广州建立军政府之举为抢夺其地盘，想方设法削弱军政府的权力。军政府与广东督军府的矛盾越来越大，怕广东人反桂情绪高涨，陆荣廷又任亲信莫荣新担任广东督军。
莫荣新当了广东督军后，进一步从事反孙中山、反军政府的活动，接连以“匪徒”名义捕杀大元帅府卫队数十名官兵。为了护法目的一直对军阀忍让再三的孙中山终于忍无可忍，他令陈炯明、程璧光等讨伐莫荣新，但没有得到回应。气愤已极的孙中山于是率领卫士及部分将领登上“同安”、“豫章”两舰，亲自指挥向督军署开炮，炮手连续向观音山督军府发射炮弹70余发，广州全城为之震动。迫于压力的莫荣新最后只好到大元帅府“道歉”。
早在1917年10月，陆荣廷就与唐继尧暗中策划成立另一个机构，以代替军政府。次年1月5日，他们在广州成立各省联合会议，像伍廷芳、唐绍仪、唐继尧、程璧光、陆荣廷等都在其中任外交、财政、军事要职，这已经在事实上形成了和军政府对峙的局面，孙中山虽然一再通电表示反对，但军政府被阉割局势已难以挽回。
1918年2月26日发生了海军总长程璧光被刺杀案，海军内部开始分化，一些官兵不安于护法，企图脱离军政府回上海，孙中山又失去了一支有力的依赖力量。
4月，桂系与政学会分子活动改组军政府。5月20日，非常国会在广州再次开会，选举七位总裁，孙中山是七总裁之一；陆荣廷与唐继尧推举岑春煊担任“主席总裁”，西南政局已完全被桂滇军阀所把持，军政府名存实亡。
选举次日，孙中山愤然离开广州，5月26日，由胡汉民陪同从汕头到了三河坝，当时任粤军司令部作战科主任的蒋介石前来迎接。见到孙中山疲惫、衰老的模样，蒋介石流下了眼泪，两人一直交谈到深夜。
北方军阀的派系斗争已达白热化，徐世昌就任了北京政府总统，国内的和平气氛又高涨起来，徐世昌于11月16日发布了停战命令；西南军政府也在23日下令停战。双方准备派代表在上海开始谈判。1919年5月13日，双方宣告谈判破裂。
这个时期也是自辛亥革命以来最艰苦的时期。孙中山处于这种有名无实，身为“元帅”，却调动不了军队的无奈处境，听凭军阀们左右局势。合法的西南非常国会又不接纳孙中山的主张，革命事业举步维艰。